| 序号 | 项目名称 | 项目来源 | 项目类别 | 开始时间 | 结束时间 | 负责人 | 参与类型 |
| 1 | 赤潮关键种的产毒特征及回声技术在赤潮预警中的应用 | 科技部 | 国家重点研发计划 | 2017 | 2020 | 宋立荣 | 参与 |
| 2 | 三角褐指藻中非典型C4途径及其生理功能 | 国家自然科学基金委 | 重大研究计划 | 2018.1 | 2020.12 | 胡晗华 | 主要负责 |
| 3 | 沉积物亚铁在磷地球化学中的作用 | 国家自然科学基金委 | 面上项目 | 2014.1 | 2017.1 | 李清曼 | 主要负责 |
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| 集胞藻 PCC 6803毒素-抗毒素系统VapBC10在细胞适应镉胁迫中的调控作用 | 国家自然科学基金委 | 面上项目 | 2015.1 | 2018.12 | 宁德刚 | 主要负责 |
| 5 | 输水明渠附着有害蓝藻的生长和控制 | 国家自然科学基金委 | 面上项目 | 2018.1 | 2021.12 | 虞功亮 | 主要负责
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| 6 | 蓝藻的琥珀酰修饰组及其在光合作用中的功能和分子调控机制研究 | 国家自然科学基金委 | 面上项目 | 2016 | 2019 | 葛峰 | 主要负责
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| 7 | 微藻生物合成虾青素的调控机制 | 国家自然科学基金委 | 面上项目 | 2016.1 | 2019.12 | 韩丹翔 | 主要负责 |
| 8 | 胶毛藻目的系统分类学研究 | 国家自然科学基金委 | 面上项目 | 2013.1 | 2016.12 | 胡征宇 | 主要负责 |
| 9 | 蓝细菌Synechocystic sp. PCC 6803 非编码反义RNA ThfR的功能及其调控机制 | 国家自然科学基金委 | 面上项目 | 2018.1 | 2021.12 | 王强 | 主要负责 |
| 10 | 接种蓝藻对生物结皮发育及荒漠土壤生态功能的影响 | 国家自然科学基金委 | 面上项目 | 2017.1 | 2020.12 | 兰书斌 | 主要负责
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| 11 | 卵囊藻科的分类修订与系统学研究 | 国家自然科学基金委 | 面上项目 | 2017.01 | 2020.12 | 刘国祥 | 主要负责 |
| 12 | 微藻膜收获过程中藻源型有机物的膜污染机制及对策研究 | 国家自然科学基金委 | 面上项目 | 2017.1 | 2020.12 | 张学治 | 主要负责 |
| 13 | 原生动物吮噬变形虫的物种多样性及其系统发育研究 | 国家自然科学基金委 | 面上项目 | 2018.1 | 2021.12 | 龚迎春 | 主要负责 |
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| 微藻生物能源生产中膜收获和营养元素及水回用过程关键工艺技术研究 | 国家自然科学基金委 | 面上项目 | 2017.1 | 2020.12 | 陈勇生 | 主要负责 |
| 15 | 蓝细菌藻胆体蛋白磷酸化动态变化对光合适应的调控机制研究 | 国家自然科学基金委 | 青年基金 | 2018.1 | 2020.12 | 湛交 | 主要负责 |
| 16 | 沉积物有机磷地球化学与铁矿物转化的耦合机制 | 国家自然科学基金委 | 青年基金 | 2017.1 | 2019.12 | 钱毅光 | 主要负责 |
| 17 | 绿藻门橘色藻目的系统分类学研究 | 国家自然科学基金委 | 青年基金 | 2017.1 | 2019.12 | 朱欢 | 主要负责
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| 18 | 微藻生物质生产中细胞聚集机理与动力学研究 | 国家自然科学基金委 | 青年基金 | 2017.1 | 2019.12 | 王岚 | 主要负责 |
| 19 | 中国产油微藻调查 | 科技部 | 科技基础专项 | 2012.5 | 2017.4 | 胡春香 | 主要负责 |
| 20 | 湖泊微生物宏基因组分析与基因资源库建设 | 科技部 | 科技部重点研发计划 | 2017 | 2022 | 李涛 | 主要负责 |
| 21 | 水生态系统活力分析仪 | 科技部 | 国重仪器研制项目 | 2018.1 | 2019.12 | 聂品，舒少武，王强 | 主要负责
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| 22 | 两种经济微藻及其功能性成分对黄颡鱼生长和品质的影响机制 | 科技部 | 淡水国家重点实验室 | 2016 | 2020 | 胡强 | 主要负责 |
| 23 | 国家藻类产业技术体系岗位科学家--淡水微藻种质资源收集与育种 | 农业部 | 国家现代农业产业技术体系 | 2017 | 2020 | 宋立荣 | 主要负责 |
| 24 | 重点流域水华藻类生物入侵种的调查与研究 | 环保部 | 环保部科技重大专项 | 2016 | 2018 | 李涛 | 主要负责 |
| 25 | 赣江水系浮游生物多样性调查 | 中国环境科学研究院 | 环保部重大专项 | 2016.9 | 2017.12 | 刘国祥 | |
| 26 | 洞庭湖浮游生物多样性调查 | 中国环境科学研究院 | 环保部重大专项 | 2017.9 | 2018.12 | 刘国祥 | 主要负责
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| 27 | 新型发酵-光自养耦合式大规模生产雨生血球藻及其虾青素的高效分离纯化研究 | 湖北省项目 | 自然科学基金 | 2015.1 | 2018.12 | 胡强 | 主要负责 |
| 28 | 微藻固炭脱硝机理及高附加值产物的提取工艺 | 湖北省项目 | | 2017.8 | 2018.8 | 王强 | 参与 |
| 29 | 快速高效处理多种污水及循环再利用新技术研发与示范 | 湖北省项目 | | 2017.1 | 2019.12 | 李清曼 | 主要负责
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| 30 | 安全高效的草鱼呼肠孤病毒口服疫苗创制与应用关键技术研究 | 江苏省科技厅 | 重点研究计划项目 （面上） | 2015.9 | 2018.12 | 宁德刚 | 主要负责 |
| 31 | 异育银鲫重大疾病防控关键技术研究与示范——异育银鲫粘孢子虫病防控与抗CyHV2重组芽孢口服疫苗研究 | 江苏省科技厅 | 现代农业科技创新项目 | 2017.9 | 2019.12 | 宁德刚 | 主要负责 |
| 32 | 异育银鲫抗CyHV-2口服重组芽胞免疫制剂的创制与应用示范 | 江苏省海洋渔业局 | 农业三新工程项目 | 2015.9 | 2017.12 | 宁德刚 | 主要负责 |
| 33 | 高蛋白微藻生物资源的研发与工程化示范 | 中国科学院 | 重点部署项目 | 2017.1 | 2019.12 | 胡强 | 主要负责 |
| 34 | 通过整合组学手段对蓝细菌环境适应性的系统生物学研究 | 中国科学院 | 院其他 | 2017 | 2020 | 赵进东 | 主要负责
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| 35 | 中科院人才计划创新长期项目 | 中国科学院 | 人才支撑体系专项 | 2015 | 2020 | 张承才 | 主要负责 |
| 36 | 基于单细胞技术研究细胞发育和细胞周期的协调机制 | 中国科学院 | 前沿科学重点研究项目 | 2016 | 2020 | 张承才 | 主要负责 |
| 37 | 中科院人才计划项目 | 中国科学院 | 院项目 | 2016.1 | 2018.12 | 韩丹翔 | 主要负责 |
| 38 | 中科院人才计划项目 | 中国科学院 | 院项目 | 2016.1 | 2018.12 | 张学治 | 主要负责 |
| 39 | 通过基因组和蛋白质组学方法研究狐尾藻在长江流域分布格局 | 中国科学院 | 院先导项目 | 2017 | 2018 | 李涛 | 主要负责 |
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| 重要微藻资源的培养和高通量筛选技术研究 | 中国科学院 | 战略生物资源专项 | 2016 | 2018 | 宋立荣 | 主要负责 |
| 41 | 微藻中亚麻酸的提取及富集技术 | 中国科学院 | STS项目 | 2016.1 | 2017.12 | 王强 | 主要负责 |
| 42 | 三角褐指藻中外膜定位C4途径相关酶的功能 | 中国科学院 | 开发课题 | 2017.7 | 2019.6 | 胡晗华 | 主要负责 |
| 43 | 微藻生物技术和生物能源研发 | 横向项目 | 企业委托 | 2013.1 | 2017.10 | 胡强 | 主要负责 |
| 44 | 2016-2018年三峡水库水华应急监测 | 横向项目 | 企业委托 | 2016 | 2019 | 毕永红 | 主要负责 |
| 45 | 利用藻、菌综合处理畜禽废水 | 横向项目 | 湖北省重大专项 | 2017.11 | 2020.12 | 侯宏伟 | 参与
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| 46 | 恩施富硒微藻的筛选和大规模培养 | 横向项目 | 恩施市科技局 | 2018.2 | 2021.1 | 黄开耀 | 主要负责 |
| 47 | 峡山水库的藻类监测和水质评价 | 横向项目 | 峡山水库管理局 | 2016.1 | 2020.12 | 刘国祥 | 主要负责 |
| 48 | 棘洪滩水库的藻类监测和水质评价 | 横向项目 | 棘洪滩水库管理处 | 2016.1 | 2020.12 | 刘国祥 | 主要负责 |
| 49 | 产油微藻发酵培养工艺及藻油提取工艺的研究 | 横向项目 | 企业委托 | 2017.3 | 2017.12 | 王强 | 主要负责 |
| 50 | 沉积物铁氧化物异化还原与有机磷地球化学循环耦合机制 | 中国博士后科学基金会 | 博士后基金 | 2016.1 | 2017.12 | 钱毅光 | 主要负责
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| 51 | 2016年博士后基金 | 中国博士后科学基金会 | 博士后基金 | 2017 | 2018 | 宋高飞 | 主要负责
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| 52 | 蓝藻毒素-抗毒素系统活性调控及其应用技术研究 | 江苏省淮安市 | 科技支撑项目 | 2015.7 | 2017.12 | 宁德刚 | 主要负责 |
| 53 | 适宜低温生长的蓝藻菌株的环境适应性评估和关键决定基因簇鉴定 | | 高校、其他科研机构委托 | 2015 | 2017 | 李涛 | 主要负责
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| 54 | 基于枯草芽孢杆菌芽孢的鱼类口服疫苗载体制备新技术 | 江苏省淮安市 | 优支撑项目 | 2017.7 | 2019.6 | 宁德刚 | 主要负责 |
| 55 | 湖北省河蟹苗种本地化规模培育技术与示范 | 其他 | 院地合作 | 2015.6 | 2017.6 | 李清曼 | 主要负责 |
| 56 | 浮游生物样品检测与评价报告编写 | 长江流域水环境监测中心 | | 2017.7.15 | 2018.7.15 | 王高鸿 | 主要负责
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| 57 | 三峡库区水华发生区域及影响因素研究 | 长江水资源保护科学研究所 | | 2016 | 2017 | 毕永红 | 主要负责 |
| 58 | 洪湖、龙感湖、洞庭湖和鄱阳湖浮游生物群落调查 | 中国科学院生态环境研究中心 | | 2017 | 2019 | 王斌梁 | 主要负责 |
| 59 | 稻田综合种养创新团队 | 湖北省农科院 | | 2017 | 2017 | 毕永红 | 主要负责 |
